與此同時，一些問題也逐漸浮現出來：大量數據壁壘導致數據無法互聯互通、大數據停滯在一些淺層應用難以向更深更廣處推進、處理海量數據存在人才缺口…… 兩會期間，記者就上述醫療大數據應用中的三大問題，采訪了幾位醫療領域的全國人大代表、政協委員，來聽聽他們如何解答這些疑問。
業界普遍認為，由于信息系統技術規范、基礎信息數據標準的不統一和缺失，我國的醫療數據普遍不能互通互認，這直接導致各醫療機構大量有價值的數據，變成了“數據孤島”。
2016 年，國務院發布《關于促進和規范健康醫療大數據應用發展的指導意見》，要求加快建設統一權威、互聯互通的人口健康信息平臺，推動健康醫療大數據資源共享開放；同年，《“健康中國2030”規劃綱要》提出，消除數據壁壘，建立和完善全國健康醫療數據資源目錄體系。
